Chomutovka sbírá své vody v rašeliništích na svahu Jelení hory, nedaleko přísečnické přehrady. Nelze s jistotou přesně identifikovat hlavní pramenný tok, protože je zde i několik uměle vytvořených vodotečí. Proto se za počátek Chomutovky považuje Novoveský rybník, kde je rovněž stanoven začátek měření délky toku. Chomutovka protéká PR Prameniště Chomutovky, která je chráněna především z biologického hlediska, a Bezručovým údolím. Poté teče zhruba jihovýchodním směrem, jenž si udržuje až k ústí do Ohře u Postoloprt.
Květen 2024 - lokalitu vzhledem k nesrovnalostem informací o prameni Chomutovky a nesrovnalostem v mapách jsem několikrát procházela a prošla jsem Černou od pramene až po hranici ČR/SRN a Stažný rybník. Hledala jsem informace o prameni Chomutovky, prošla jsem několikrát lokalitu za Novoveským rybníkem a prošla celý tok přivaděče, kanál Chomutovky, který byl dříve vybudován našimi předky pro navýšení toku v Chomutovce a do Chomutovky se vleva pod Novoveským rybníkem. Tento přivaděč byl později na dvou místech uměle přerušen a voda svedena do Černé, před Novoveským rybníkem je koryto suché a až v rašeliništi ho napájí další přítoky, pokračuje dál až k Novoveskemu rybníku. Pramen Chomutovky v rašeliništi Pod Jelení horou, je pramenem onoho přivaděče Chomutovky a v tomto rašeliništi teče přirozenou cestou až k velkému jezeru, které je v letecké mapě jako bažina a dál až k prvnímu místu, u bývalé ho doloviste rašeliny, kde byl později uměle sveden do Černé. Pod bývalým mostkem protéká dál a napájí ho další přítoky, pokračuje dál k Novoveskemu rašeliništi a z terénu je zřejmé, že se jedná o uměle vybudovaný kanál. Pramen Chomutovky, se nalézá pod Novoveským vrchem a napájí Novoveský rybník. Aktuální foto: Míla Valinová